9月26日，《华尔街日报》报道，波音公司发现了一个此前未公开的737 MAX机型软件故障，该故障可能导致自动导航功能在着陆过程中失效。问题源于驾驶舱软件更新，当机组人员在复飞后更改预定飞行路径时，可能会出现这一问题。在这种情况下，飞行员在特定着陆场景中可能无法使用自动飞行引导功能。波音已通知所有737机型运营商有关该软件的问题。
美国联邦航空管理局（FAA）表示，已知悉部分波音737 MAX客机飞行计算机软件更新中存在的潜在问题，并正与波音及各航司密切合作。FAA将召集纠正措施审查委员会，一旦发现安全隐患，将立即采取行动。
西南航空和联合航空已要求波音不要交付搭载该问题软件的新737 MAX客机，而是要求交付搭载旧版本软件的客机。目前尚不清楚有多少架飞机正在使用这款有缺陷的软件。波音公司、各航司和监管机构正在评估这一问题，并研判其是否构成飞行安全隐患。
近年来，波音公司因多起致命空难和故障事件面临严格的监管和安全审查。2018年和2019年，波音737 MAX机型在印度尼西亚和埃塞俄比亚发生两起致命空难，导致该机型在全球范围内停飞。此外，阿拉斯加航空一架近乎全新的波音MAX 9客机还在高空飞行途中发生舱门掉落的事故。
波音员工曾表示，飞机组装过程中一旦有问题，许多工作就需要重新做，而波音的飞机每天都因发现问题而被送来修复，“更换门塞就像更换内裤一样频繁”，“飞机每天都来，每天都有问题”。