今年三季度，A股生物医药行业呈现出显著的结构性分化。据Choice数据，第三季度上证指数下跌6.16%，深证成指下跌20.47%，创业板指下跌27.80%。与此同时，申万医药生物指数逆势上涨10.12%，成为市场亮点。不过，医药板块内部涨幅并不均衡，创新药及医疗研发外包（CXO）、生物制品等方向领涨，而中药、化学制药等板块涨幅明显靠后。
个股方面，近岸蛋白和五洲医疗表现突出，自7月1日以来分别累计上涨345.53%和312.44%。相比之下，华兰股份同期下跌39.49%。这种涨跌分化背后是产业景气度与政策预期的双重催化。今年以来，创新药对外授权交易快速增长，叠加《医药工业发展“十五五”规划》出台，推动创新药、CXO等赛道热度持续升温。仿制药企及中小原料药企则加速出清。当前医药板块更多是二级市场对预期的押注，尚未完全转化为实质业绩。
业内人士指出，医药板块内部存量博弈特征明显。政策预期驱动资金持续向有政策催化、有出海预期的赛道集中，缺乏远期定价逻辑的板块可能被边缘化。
三季度申万医药生物逆势上涨10.12%，主要动力来自创新药产业链景气度的持续兑现。国家药监局披露，2026年1-8月，国内创新药对外授权交易总额突破1200亿美元，同比增长36%，接近2025年全年规模。此外，行业利润端明显修复。中银国际证券报告显示，2026年上半年申万医药板块实现营业收入1.26万亿元，同比增长2.21%；扣非归母净利润986.71亿元，同比增长18.85%。尽管如此，细分行业间仍存在较大差异。CXO板块二季度营收同比增长27.73%，扣非归母净利润同比增长66.34%，而传统制药板块则面临集采续约、医保谈判降价等压力，营收同比下降1.52%。